В 1989 г. А. Б. Каменский, уверяя, что в оценке дискуссии Ломоносова и Миллера не хватает объективизма, тут же заполнил этот вакуум. По его мнению, Миллер к решению варяжского вопроса «подходил именно как ученый, а имевшиеся в его распоряжении источники (которые он, кстати, в то время знал лучше Ломоносова), иного решения и не допускали». Через два года исследователь к сказанному добавил, что если Миллера в дискуссии интересовала только научная истина, то Ломоносов в его позиции видел прежде всего аспект политический, в связи с чем «все попытки Миллера доказать свою научную правоту были тщетны». При этом было подчеркнуто, что Ломоносов, пользуясь высоким покровительством, подчас выдвигал против «оппонента не столько научные, сколько политические обвинения». Отметил Каменский и «глубоко патриотическую и вместе с тем объективно ошибочную позицию» Ломоносова в споре с Миллером об истории, т. к. тот пытался показать все без изъяна, без прикрас, Ломоносов же выступал за создание в истории «запретных зон». И автор не сомневается, что образ Ломоносова как «положительного героя», существующий в историографии, закрывает «путь к познанию истины». В 1996 г. Д. Н. Шанский утверждал, что Миллер в диссертации провозгласил высшей целью историка «изыскание истины, приход через критику источников к подлинно научному знанию, главным критерием которого является не «полезность», а беспристрастность», с чем не мог примириться «гениальный Ломоносов». И даже значительно позже Ломоносов, осуждая уже «Опыт новейшей истории России» Миллера, вновь отверг мысль оппонента, «что история — наука, а следовательно, должна быть выведена за пределы эмоций».
В середине и второй половине 90-х гг. XX в., когда тотальному пересмотру подвергались уже ценности советской историографии, ученые все также демонстрировали непоколебимую приверженность тезису, что Ломоносов, страстно желая утвердить «патриотический подход к российской истории», счел обязанным выступить против норманизма, оскорбительного «для чести русской науки и самого русского народа». Причем, тональность его стала более жесткой: якобы Ломоносов научную аргументацию зачастую заменял, по словам А. С. Мыльникова, «доводами гипертрофированного патриотизма». Каменский усилил акценты недавних своих публикаций, говоря, что аргументация Миллера «была едва ли не безупречной», но для Ломоносова норманская трактовка русской истории была неприемлема именно «как антипатриотическая». По линии другого противопоставления подчеркивалось, что если у Байера «достаточно объективный исторический подход к вопросу», то у Ломоносова многие положения «были лишены научного основания». Параллельно с этим утверждалось, что антинорманизм почти всегда был «следствием отнюдь не анализа источников, а результатом предвзятой идеологической установки», и, конечно же, привычно нагнеталась атмосфера вокруг антинорманизма с его «шумным национализмом» и «ложно понимаемым патриотизмом». Тогда же, следует повторить, Э. П. Карпеев и И. Н. Данилевский вменили Ломоносову в вину создание ненужного ажиотажа вокруг проблемы этноса варягов.
Неприкрытая и все более усиливающаяся недоброжелательность к Ломоносову вызвала в конце 1990-х гг. законную реакцию. А. Г. Кузьмин напомнил научной общественности, по сути, неизвестные ей аргументы ученого, которым до сих пор ничего не могут противопоставить норманисты. Так, он показал нелогичность произведения имени «русь» от финского названия шведов «руотси», ибо «имя страны может восходить либо к победителям, либо к побежденным, а никак не к названиям третьей стороны». Ломоносов ввел новый документ — окружное послание византийского патриарха Фотия, говорившее о пребывании росов на Черном море до призвания Рюрика. Высоко Кузьмин оценил его доводы, когда он, отвергнув попытки выдать имена русских князей за скандинавские, указал, во-первых, «что на скандинавском языке не имеют сии имена никакого знаменования», и, во-вторых, что «сами по себе имена не указывают на язык их носителей». Остановившись на заключении Ломоносова, о практическом отсутствии в русском языке германизмов, Кузьмин подчеркнул: норманисты, столько веков выискивая эти следы в нашем языке, пришли к неутешительному итогу. Историк отметил данные Ломоносова о «Неманской Руси», его вывод, что варяги — общее имя многих народов, объединение им проблем руси и роксолан. И, подытоживал он, преимущество Ломоносова перед немцами «заключалось в гораздо более глубоком понимании сущности и связей между явлениями внешнего мира… что явление, факт не существуют сами по себе вне связи с другими явлениями и фактами». Тогда как «немецкая ученость» вместо сколько-нибудь обоснованной теории брала за основу наивный германоцентризм, через призму которого рассматривались и все явления истории славян и руси». А Миллера, констатировал исследователь, он превосходил «не только по методу, но и по широте эрудиции».
Параллельно с тем Ю. Д. Акашев отметил высокий потенциал Ломоносова как историка. В. В. Фомин привел негативные мнения о диссертации Миллера ученых-норманистов XVIII–XIX вв., что уже ставило под сомнение наличие у Ломоносова лишь «патриотического порыва» в ее неприятии, отметил его превосходство как источниковеда перед Миллером. Н. М. Рогожин указал, что в ходе полемики с Миллером Ломоносов продемонстрировал хорошее знание источников. Но насколько велика была инерционность заданного норманистами представления о Ломоносове, что даже те ученые, которые говорили об искажении немецкими академиками свидетельств ПВЛ, отделяющей русь от норманнов, и положительно оценивали борьбу Ломоносова «против теории о немцах-цивилизаторах», вместе с тем продолжали рассуждать в рамках привычного шаблона. Так, В. П. Макарихин утверждал, что «патриотическая общественность России восприняла» норманскую теорию «как оскорбление, европейское хамство», а Ломоносов в ходе идейно-политической борьбы допускал «тенденциозное истолкование исторических фактов, исторических источников».