Ломоносов, которого рисуют национал-патриотом и непримиримым борцом за «чистоту» рядов российской науки, рекомендовал для работы в Академии иностранцев, например, профессора Марбургского университета И. К. Шпангенберга. Предлагал он пригласить и немецкого химика К. Дахрица, но Миллер, будучи секретарем Академического Собрания, выписал У. Х. Сальхова, который, вспоминал Ломоносов, не пристав «к шумахерской стороне», был «выгнан из России бесчестным образом». Он же решительно опротестовал мнение Л. Эйлера, вниманием и добрым расположением которого к себе очень дорожил, выступившего против приглашения в Академию И. К. Шпангенберга и И. П. Эбергарда. Объясняя Миллеру, почему Эйлер отклонил кандидатуру последнего, Ломоносов подчеркнул, что тот «Невтоновой теории в рассуждении цветов держится. Я больше, нежели г. Ейлер, в теории цветов с Невтоном не согласен, однако тем не неприятель, которые инако думают (курсив мой. — В. Ф.)». В отношении своего учителя немца Х. Вольфа Ломоносов проявил беспримерный такт. Видя, что его физические воззрения вошли в диаметральное противоречие с взглядами Вольфа, Ломоносов на протяжении нескольких лет не решался опубликовать результаты своих наблюдений, боясь «омрачить старость мужу, благодеяния которого по отношению ко мне я не могу забыть». И, вообще, конечно, странно обвинять Ломоносова в «немцеедстве», говорил М. Н. Тихомиров, женатого на немке, учившегося в Германии и никогда не забывавшего о своем пребывании в этой стране.
Ломоносов, которому приписывают особую нелюбовь к немцу Миллеру, полностью поддержал его в конфликте с русским П. Н. Крекшиным, когда тот, получив отрицательный отзыв Миллера на свое сочинение по генеалогии, где выводил Романовых от Рюриковичей, обвинил его в «государственном преступлении». К разрешению этого довольно непростого и связанного с высочайшей фамилией дела были привлечены Штрубе де Пирмонт, Тредиаковский и Ломоносов. И в чью пользу он был решен и прежде всего благодаря кому, видно из жалобы Крекшина в Сенат в декабре 1747 года. По его словам, Миллер, «не знав истины, заблудил и высочайшую фамилию неправо простою дворянскою дерзнул писать, и профессоры Ломоносов, Тредиаковский и Штрубе в неведении же сию лжу за истину признавали», и требовал привлечь их к делу. Ломоносов, решительно встав на защиту правоты немца Миллера и выступив против фальсификации русского Крекшина, проявил при этом, как справедливо заметил С. Л. Пештич, «большое гражданское мужество». По словам А. И. Андреева и В. Р. Свирской, его позиция в данном споре говорит «о защите им исторической правды и принципа научности от чуждых науке влияний», независимо от того, надо подчеркнуть, от кого они исходили — от русского или немца. Хотя для А. Б. Каменского этот случай — лишь пример корпоративной солидарности, вызванной «необходимостью защиты авторитета Академии», довольно странный в свете разглагольствований автора о крайне пристрастном отношении Ломоносова к Миллеру, да к тому же заручавшегося в том поддержкой своих высоких покровителей.
Всю свою жизнь Ломоносов следовал принципу, который он изложил в заметках по физике в начале 40-х гг.: «Я не признаю никакого измышления и никакой гипотезы, какой бы вероятной она ни казалась, без точных доказательств, подчиняясь правилам, руководящим рассуждениями». Имелся еще один принцип, которым он также всегда руководствовался: «За общую пользу, а особливо за утверждение наук в отечестве и против отца своего родного восстать за грех не ставлю… Что ж до меня надлежит, то я к сему себя посвятил, чтобы до гроба моего с неприятелями наук российских бороться, как уже борюсь двадцать лет; стоял за них смолода, на старость не покину». И речь здесь идет не о борьбе с иностранным засильем в науке, а за торжество в ней правды и справедливости, о чем полно говорят случай с Крекшиным или неоднократные столкновения Ломоносова с одним из самых влиятельных лиц в Академии наук Тепловым, в котором он видел гонителя наук российских. Ломоносов, конечно, не был «ксенофобом, жизненная задача которого заключалась в борьбе с иноземцами». Это слова произнес недавно Э. П. Карпеев, правда, все сведя лишь к «идейным позициям» тех, кто стремился использовать его имя в своих целях. Но подобное представление о русском гении создали и культивируют до сих пор именно норманисты.
Отношения между Ломоносовым и Миллером были очень непростыми, и в них много всего было, но на них нельзя смотреть только с позиций последнего, якобы «гонимого и оскорбленного». За себя он всегда умел постоять, отличался, констатирует Шлецер, «необыкновенной вспыльчивостью», по причине чего часто бывал инициатором громких скандалов в Академии. Как вспоминал Ломоносов о событиях 1744 г.: «Какие были тогда распри или лучше позорище между Шумахером, Делилем и Миллером! Целый год почти прошел, что в Конференции кроме шумов ничего не происходило». Весной 1763 г. усугубился давний конфликт между Миллером и его соплеменником, профессором юриспруденции Г. Ф. Федоровичем, и «Миллер не токмо ругал Федоровича бесчестными словами, но и взашей выбил из Конференции. Федорович просил о сатисфакции и оправдан профессорскими свидетельствами». Профессор И. А. Браун, очевидец ссоры, показывал, что ее «зачинщиком» и «обидящим» был Миллер. Свой характер проявил он и при обсуждении диссертации. «Каких же не было шумов, браней и почти драк! — с некоторой долей иронии говорил Ломоносов, — Миллер заелся со всеми профессорами, многих ругал и бесчестил словесно и письменно, на иных замахивался в собрании палкою и бил ею по столу конференцскому. И наконец у президента в доме поступил весьма грубо, а пуще всего асессора Теплова в глаза бесчестил».