М. В. Войцехович расписывал, как жертвой «патриотического усердия» Ломоносова стал Миллер, диссертация которого, лишь скромно опровергая положения Синопсиса и пытаясь научно разрешить историю первых веков русской истории, «подверглась настоящему разгрому со стороны неистового академика», не имевшего твердых исторических знаний и защищавшего совершенно противоположную точку зрения не по соображениям научным, а национально-патриотическим». Тогда же Б. Н. Меншуткин утверждал, что Ломоносов выступал против того, чтобы иностранцы писали «что-либо предосудительное России», «Миллер же, как беспристрастный историк, помещал все, как бы оскорбительно для России это не казалось Ломоносову».
П. А. Лавровский в 1865 г., хотя и возражал, что Ломоносов «вовсе не был предубежден против иностранных ученых и вовсе не был заражен национальною исключительностью», вместе с тем согласился, что его взгляд на характер и значение трудов по русской истории был основан «на преувеличенном и ложно понятом патриотическом чувстве», объяснение чему он видел в отсутствии у него «сколько-нибудь солидного и основательного исторического образования», не позволившего ему также оценить «научное достоинство трудов Шлецера».
В среде дореволюционных ученых, принявших легенду о Ломоносове как борце «с иноземцами только потому, что они иноземцы», такой же аксиомой стало суждение Шлецера о нем как историке. Н. А. Полевой был предельно краток, говоря о Ломоносове: «История не была его уделом». А. В. Старчевский уверял, что труды Ломоносова по истории, вызванные соперничеством с Миллером, «не могут выдержать исторической критики». Белинский, видя в нем предтечу славянофилов и потому с особой силой обрушившись, говоря с едким сарказмом, на «исторические подвиги Ломоносова», охарактеризовал его как «человека ученого и гениального, но решительно не знавшего» русской истории, которая совсем не была «его предметом», противопоставил ему немцев-академиков, стоявших «в отношении к истории как науке неизмеримо выше его» и стремившихся «очистить историю от басни». И, как заключал Белинский, Ломоносов «в истории был таким же ритором, как и в своих надутых одах на иллюминации… и поэтому в русской в истории искал не истины, а «славы россов».
Соловьев своим авторитетом окончательно закрепил в историографии подобный взгляд на Ломоносова, считая, что его могучий талант оказался «недостаточным при занятии русской историей, не помог ему возвыситься над современными понятиями…», что исторические занятия были чужды ему «вообще, а уж тем более занятия русскою историею, которая по необработанности своей очень мало могла входить в число приготовительных познаний тогдашнего русского человека…». Поэтому, подчеркивал Соловьев, ему «недоставало ни времени, ни средств изучить вполне русскую историю; он начал учиться, когда нужно было писать, и начал учиться предмету, совершенно для него новому, не имевшему связи с прошлыми его занятиями». Ломоносов, страдая отсутствием ясного понимания предмета, смотрел «на историю с чисто литературной точки зрения, и, таким образом, являлся у нас отцом того литературного направления, которое после так долго господствовало», что он, представляя «сухой, безжизненный риторический перифразис летописи», иногда подвергает ее «сильным искажениям…». В. С. Иконников, конечно, также не сомневался, что Ломоносов оказался в истории «столь несовершенным».
Ключевский, следуя в оценке Ломоносова за Соловьевым, говорил, что Ломоносов случайно принялся «за изложение русской истории», проиллюстрировал заключение своего учителя безрадостной картиной, как «пожилой ученый… с трудом одолевал громадный и непривычный материал». Его же «Древняя Российская история», подводил он черту, не оказала «большого влияния ни на историческое сознание общества, ни на ход историографии», т. к. Ломоносов стремился сделать русскую историю «академическим похвальным словом в честь России», тогда как ученые-немцы, подвергая источники тщательной критике, «занимались критическими исследованиями». В свою очередь ученик Ключевского Милюков, наделяя последних, стремившихся к «истине», владением всеми приемами классической критики, в отношении Ломоносова с его «чисто литературными приемами» был непреклонен в своем вердикте: для него критические приемы европейской науки остались «недосягаемыми образцами». В 1911 г., когда Россия чествовала своего великого сына, Войцехович как бы поставил заключительную и вместе с тем коллективную точку подавляющей части российских исследователей в разговоре о Ломоносове как историке, равной той, что более ста лет назад сошла с пера Шлецера. По его мнению, оставленное Ломоносовым «историческое наследие несравненно ниже его… ниже века и исторической мысли его некоторых современников», что «в своих исторических взглядах он… как будто даже попятился назад, стал открещиваться от новых приобретений русской исторической науки и объявил им жестокую войну», либо, «не имея возможности самостоятельно изучить источники по русской истории», слепо следовал за Синопсисом, настойчиво расписывающим «события, льстившие национальному и патриотическому чувству». В результате чего было создано даже «нечто отрицательное, с чем науке русской истории считаться не приходилось, и что последующими исследователями рассматривалось как печальное недоразумение, не достойное ни гения Ломоносова, ни его научной репутации».
Насколько подобные высказывания не вязались с фактами, показывают сами же критики Ломоносова. Так, Соловьев констатировал, что в той части «Древней Российской истории», где он разбирает источники, «иногда блестит во всей силе великий талант Ломоносова, и он выводит заключения, которые наука после долгих трудов повторяет почти слово в слово в наше время». И Ключевский говорил, что «его критический очерк в некоторых частях и до сих пор не утратил своего значения», что «в отдельных местах, где требовалась догадка, ум, Ломоносов иногда высказывал блестящие идеи, которые имеют значение и теперь. Такова его мысль о смешанном составе славянских племен, его мысль о том, что история народа обыкновенно начинается раньше, чем становится общеизвестным его имя». Одобрительно он отозвался и о «Кратком Российском летописце», ставшем во времена Екатерины «довольно распространенным школьным руководством по русской истории». Войцехович также отмечал, что Ломоносов обнаруживает немало проницательности, что некоторые частные вопросы получили у него «блестящее разрешение, несмотря на скудость тогдашних научных средств», а некоторые догадки ученого впоследствии получили «научное подтверждение». Такие признания Соловьева, Ключевского и Войцеховича нисколько не вязались с их же выводами, выставлявшими Ломоносова за рамки исторической науки, да и нисколько ими не объяснялись.