Более того, в целом вменяя в вину Ломоносову его споры с немцами-историками, ученые, весьма благожелательно относящиеся к последним, в чем-то даже солидаризировались с ним. Он, констатировал П. П. Пекарский, «подметил на этот раз довольно справедливо какое-то особенное довольство, с которым Миллер указывает все неудачи и неуспехи славян….В речи его есть не мало неприличного для самолюбия русских» (показательно, как это наблюдение совпадает со словами Ломоносова, что Миллер «больше высматривает пятна на одежде российского тела, проходя многие истинные ее украшения», склонен «в своих исторических сочинениях ко шпынству и посмеянию»). Ключевский, осуждающе подчеркнув, что Ломоносов «до крайности резко разобрал» русскую грамматику Шлецера, в тоже время признавал: «Действительно, странно было слышать от ученика Михаэлиса такие словопроизводства, как боярин от баран, дева от Дiев, князя от Knecht». Ценны вместе с тем и критические замечания ученых-норманистов в адрес человеческих и научных качеств Шлецера. П. А. Лавровский характеризовал его крайне самолюбивым и неумеренным в выражении своего самолюбия. Пекарский отмечал, что он был самого неуживчивого характера и чрезвычайно высокого мнения о своих знаниях, поэтому с презрением относился к грамматическим и историческим трудам Ломоносова. Ключевский считал, что Шлецер не уяснил самого свойства ПВЛ, полагая, «что имеет дело с одним лицом — с летописцем Нестором», и прилагал к ней приемы, к ней «не идущие».
В историографии 30-х — 60-х гг. XIX в. слышался протест против низкой оценки Ломоносова как историка. Так, Н. И. Надеждин, все же более сочувствуя Миллеру, чем Ломоносову, заметил, что его исторические опыты отличаются «воздержанностью и здравомыслием суждений», сказав вместе с тем о «множестве грубейших ошибок» Байера. Н. В. Савельев-Ростиславич подчеркивал, что Ломоносов придал «древнему (здесь и далее курсив автора. — В. Ф.) нашему поверью» о выходе варягов с южнобалтийского побережья Балтики «ученый систематический вид… и отрешил большую часть тех вымыслов; которыми и наша и чужеземная старина… потешалась в своих исторических помыслах и школьных мудрованиях о происхождении и прозвании руссов». Как заключал исследователь, «нельзя не удивляться проницательности ума Ломоносова, который… силою собственного соображения вознесся до такой высоты, что мог построить такую замечательную теорию нашей и общеславянской истории». В. И. Ламанский негативное отношение к Ломоносову со стороны немецких ученых, работавших в Академии наук в разное время, объяснял недостатком общего характера немецкой образованности и национальной предубежденностью немецкого общества.
Но с особенной силой этот протест прозвучал тогда из уст П. А. Лавровского. Указав, что Ломоносов для России «был и есть беспримерным явлением, недосягаемым великаном», ученый констатировал, что он в обработке русской истории, как и на «не открытой прежде почве» русского языка, совершил свой «многотрудный подвиг». До него, говорит Лавровский, не было труда, обнимавшего бы в общих чертах историю России, и что он в стремлении написать сочинение, на которое не были способны иностранцы, «вооружился всеми источниками, какие только могли находится у него под руками», причем тогда еще не было переводов большинства приводимых им греческих и латинских авторов. И Лавровский справедливо отмечал, что, во-первых, современная наука многое повторяет, в том числе и в варяжском вопросе, из Ломоносова, хотя и забывает при этом о нем, во-вторых, «русские привыкли судить о своих великих людях по отзывам Запада», и, в-третьих, «некоторые из русских немцев выбивались из сил, чтобы унизить и сдавить гениального туземца». Прозорливость ума, обширность и глубина знаний Ломоносова позволили ему указать, например, на родство венгров с чудью (до этого только в XIX в. дошла филология), а сами венгры, «кажется, убедились в этом только с 1864 г., после почтенного сочинения Гунфальви». «Краткий Российский летописец», по мнению Лавровского, представляет собою такое руководство по русской истории, «какому подобного не предлагала тогдашняя литература».
Такой же мощи голос в защиту Ломоносова, как у П. А. Лавровского, раздастся потом почти через полвека. В 1912 г. И. А. Тихомиров, прекрасно понимая, почему Ломоносова пытаются вывести за рамки исторической науки, специально показал, какие мнения, высказанные им против норманизма, остаются в силе. И он очень высоко оценил его доказательства славянской природы названий Холмогор и Изборска, происхождения руси от роксолан, его указания на совершенно разрушавшие норманистские построения факты: что в Скандинавии неизвестно имя «Руси», что в скандинавских источниках нет информации о призвании Рюрика, что варяжские князья клялись славянскими, а не норманскими божествами, что термин «варяги» был приложим ко многим европейским народам. Научную значимость антинорманизма Ломоносова Тихомиров видел прежде всего в том, что он выступил против объяснения норманистами летописных имен, которые «коверкались в угоду теории на иностранный лад, как бы на смех и к досаде русских». Ломоносов, справедливо подчеркивал исследователь, «первый поколебал одну из основ норманизма — ономастику… он указал своим последователям путь для борьбы с норманизмом в этом направлении», окончательно уничтожившим привычку норманистов объяснять чуть не каждое русское слово «из скандинавского языка».
Достоинство трудов Ломоносова, по мнению Тихомирова, заключается в том, что он устранил из русской истории баснословия (отрицал происхождения Москвы от Мосоха, сомневался «относительно грамоты Александра Македонского», якобы данной славянам), в его убеждении, что не существует несмешанных наций. Говоря о мыслях Ломоносова об участии славян в великом переселении народов, в разрушении Западно-Римской империи, ученый отметил, что они «в настоящее время сделавшиеся ходячими истинами, будучи выражены полтораста лет тому назад да еще не специалистом-историком, указывают только на гениальность Ломоносова». Учитывая «состояние русской исторической науки того времени и имея в виду цель, для которой составлен Краткий летописец», Тихомиров полностью согласился с оценкой, данной ему П. А. Лавровским, а в «Древней Российской истории» видел первый научный труд, основанный на первоисточниках, одно «из выдающихся исторических произведений XVIII века», имеющее цель «самым изложением вдохнуть любовь к истории своего отечества и уважение к предкам».